达尔文主义是否真的掌握了物质世界的客观演化机密与运行机理？当生物学发展到分子研究层面的时候，进化论的权威是否仍然毋庸置疑？
人类在探索事物规律及本质的过程中，总是会受到有限的知识、理性、工具及技术等因素的限制，从而导致在不同历史阶段在认知上呈现出不同程度的盲点。而科学的探索，正是一种前仆后继的对盲点的不断认清与修正的过程。
通过复习生物学研究简史，帮助我们认清达尔文思想在人类认知史中的客观位置，以及它的历史局限性及重重疑点。
医学之师希波克拉底（B.C.460-370年）
当时，古希腊医学受到宗教迷信的禁锢。巫师们只会用念咒文，施魔法，进行祈祷的办法为人治病。为了抵制“神赐疾病”的谬说，希波克拉底积极探索人的肌体特征和疾病的成因，提出了著名的“体液学说”。他认为复杂的人体是由血液、粘液、黄胆、黑胆这四种体液组成的，四种体液在人体内的比例不同，形成了人的不同气质。当四种体液的比例失调时，人就会进入各种疾病状态。
古希腊哲学家亚里士多德（B.C.384-322年）
这位被誉为西方哲学的奠基者，是一位名副其实的博学家。在生物学方面，由于认识到对自然的认识需要系统的观察和研究，他对生物世界做了大量深入的观察，发现生物界存在着惊人的秩序，这使生物研究向前迈出了重要的一步。
古罗马医学家及哲学家盖伦（129-199年）
他的见解和理论在他生后的一千多年里是欧洲起支配性的医学理论。盖伦的许多知识来自于他对活体动物的解剖。从今天的角度来看，盖伦的理论部分是对的，部分是错的。例如，他错误地认为从心脏输送血液到其他组织器官，同时体内不断造出新的血液供给心脏。
英国医生威廉·哈维（1578-1657年）
哈维使用了一种前所未有的逻辑推理，如果心脏每跳动一次就能输出两盎司血液，根据心脏每分钟跳动72次的速率来计算，一个小时心脏就能输出540磅血液，这相当于人体体重的三倍。这显然不可能在这么短的时间内造出这么多的血来，因此血液一定是被反复利用了。
哈维的这种证明不能直接观察到的活动的方法，为生物学的研究打开了新的思路，为现代生物学理论奠定了又一个新的基础。
到了中世纪时期，科学研究的步伐较之以前更快了，自然科学家层出不穷，对动植物的认识和分类更加系统和详细。
17世纪和18世纪时，对生物系统的观察研究开始步入一个新的阶段。特别是随着显微镜的发明及应用，科学家对生物活动的观察开始进入微观层次的重要部分。
○ 伽利略利用原始的显微镜惊奇地发现了昆虫的复眼。
○ 斯太勒用它观察蜜蜂和象鼻虫的眼睛、舌头、触角和其他部位。
○ 马尔皮菲证实了血液是通过毛细血管循环的，并描述了小鸟心脏初期胚胎的发育情况。
○ 奈希未阿·格鲁用它观察过植物，斯威沫德姆用它解释过蜉蝣。
○ 利文卢克是第一个用它来观察细胞的人。
○ 罗伯特·胡克对软木塞和树叶进行过观察和描述。
到了19世纪，马歇尔·施雷顿提出了细胞核的概念，希奥多·施万则认为有关有机体原动力的答案就存在于每个细胞当中。他们最终提出了生物细胞理论。
进化论的提出
但对于同时代的达尔文及其他科学家来说，细胞就如同是一个黑匣子，一道难解的终极奥秘。因此他们更乐于解释有关细胞之外的生物现象。达尔文集前人的生物进化思想，系统地描述和解释了生物随机变异的自然选择理论。但是这些推论仅是基于肉眼观察所得，对于下层细胞组织的复杂结构及运行方式，他们几乎一无所知。
由于光的波长大约只是生物细胞直径的十分之一，所以细胞组织的许多微小、重要的细节用光显微镜是无法看到的。直到后来发明了电子显微镜，生物学家们才得以叩开更为微小世界的大门。
起初，人们普遍认为，生物是由特殊的物质组成，与非生命的物质截然不同。然而，1828年德国化学家维勒给铵氰酸盐加热时，吃惊地发现了尿素这种生物废品。接着，无机化学家贾斯特斯·万·雷比格开始了生物化学的研究。他发现动物的体温是由食物燃烧而来，而非单是生物的自身特性；厄恩斯特·霍普塞勒具体明确了血液中的红色物质（血红蛋白），同时表明血红蛋白依附于氧并将氧输送到整个体内。
爱莫·费斯彻认为蛋白是由仅仅20种基础材料连接成链状而构成，但是当时借助电子显微镜还无法观察其详细结构。
20世纪初期，X光晶体学被用来研究小分子的结构。
J.C.坎佐于1958年通过X光结晶技术发现了肌浆蛋白。
利用若干年后的核磁共振（NMR）技术，可以在溶解状态下对分子进行研究，确定蛋白和核酸的准确结构。
今天，分子生物学对生命科学的研究深度已经远远超越了达尔文时代的肉眼观察层次，进化论理论被提出的时候，人们对细胞级以下的生物复杂结构的认识几乎是一片空白。在缺失了如此重要的细节的背景之下，怎么能保证进化论的猜想绝对无误呢？
并且随着分子生物学研究的深入，越来越多的生物分子的结构被发现，这些不断取得的成果非常清楚地说明生物的基础是由分子组成的器官。分子器官在细胞内通过由其他分子组成的“高速公路”把“货物”从一个地方运到另一个地方，同时，其他细胞还像缆绳和滑轮一样使其保持良好的状态。太阳能器官可以获得光子能量并把它变成化学制品储藏起来。电子器官可以使电流在神经细胞中流动。
这些极为复杂的分子器官控制着每个细胞的活动过程，并且成为达尔文主义无法解释的障碍。
【扩展阅读】
参考资料与图片出处
1. 部分内容参考《达尔文的黑匣子》；
2. 插图：百度百科，维基百科；
3. 封面：维基百科。